El segundo tiempo comenzó con el ingreso de Christian Mafla por Jeison Angulo en Santa Fe, pero el protagonismo fue para Deportes Iquique. El momento clave llegó a los 66 minutos cuando el VAR señaló un penal por mano de Kevin Cuesta. Edson Puch se encargó de la ejecución y no falló, poniendo el 2-1 a los 69 minutos que sería definitivo.
En los minutos finales, ambos equipos realizaron múltiples cambios buscando diferentes objetivos. Los locales vieron amarillas a César Fuentes (62′) y César González (81′), mientras Santa Fe intentaba el empate sin éxito. El partido terminó con un Deportes Iquique celebrando una victoria fundamental en sus aspiraciones coperas, sostenido por la actuación estelar de Puch y el apoyo de su público.
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La victoria coloca a Deportes Iquique en una posición favorable de cara al partido de vuelta que se disputará el 25 de febrero en Colombia, donde Independiente Santa Fe buscará revertir el resultado en condición de local. Los chilenos tendrán la ventaja de haber ganado el primer encuentro, aunque deberán mantener la concentración ante un rival que mostró credenciales ofensivas importantes.
El triunfo representa un paso significativo para Deportes Iquique en su camino por la Copa Libertadores, demostrando que puede competir al más alto nivel continental. La figura de Edson Puch fue determinante con su doblete, mientras que el equipo en general mostró capacidad de reacción y solidez defensiva para mantener la ventaja, especialmente en los minutos finales cuando Santa Fe buscó con mayor ímpetu el empate.